Trama di Modern Warfare 2

Cinque anni dopo la morte di Zakhaev, la Russia è attraversata da una corrente ultranazionalista, con a capo il mercenario Makarov, che celebra l'ex leader Imran Zakhaev come eroe martire.
Dopo avere liberato dalle forze nemiche una piccola città in Afghanistan, il soldato scelto Allen viene trasferito alla CIA. Il generale Shepherd gli fornisce una nuova identità per consentirgli di infiltrarsi nella banda di Makarov.
Per guadagnare la fiducia del mercenario, Allen è costretto a partecipare a un attacco terroristico all'aeroporto di Mosca, massacrando civili e forze di polizia. Prima della fuga Makarov, al corrente della vera identità di Allen, uccide quest'ultimo e ne lascia il cadavere a terra. La polizia russa lo identificherà, e la colpa dell'attacco ricadrà così sulla stessa CIA, scatenando le ire dell'intera Russia.
Nel frattempo, sulle montagne del Kazakhistan, vicino al confine russo, il sergente Gary "Roach" Sanderson ed il capitano McTavish, appartenenti alla Task Force 141, si infiltrano in una base russa per recuperare, su ordine di Shepherd, il modulo ACS di un satellite americano abbattuto. I due riescono nel loro obiettivo e, scoperti, sono obbligati a fuggire in motoslitta, distruggendo l'intera base.
Nonostante l'azione degli uomini della Task Force 141, i russi riescono a copiare i file contenuti nel modulo satellitare e, sfruttandone i codici, invadono gli Stati Uniti in risposta all'attacco terroristico di Mosca senza che nessuno riesca a prevederne le azioni.
I paracadutisti russi nella Virginia nordorientale trovano sulla loro strada i Rangers statunitensi, tra cui il soldato semplice Ramirez, impegnati a fermarne l'invasione e ad evacuare i civili.
Contemporaneamente, la Task Force 141 è impegnata in una corsa contro il tempo per catturare Makarov e porre fine al conflitto.
Roach ed i suoi commilitoni attraversano le favelas di Rio de Janeiro e catturano ed interrogano un noto trafficante di armi di nome Alejandro Rojas, fornitore di Makarov.
Dalle informazioni ottenute da Rojas ora sanno che Makarov è in cerca di un uomo, denominato "Prigioniero 627", tenuto rinchiuso in un gulag sulle coste del Pacifico.
Per aprirsi la strada, la Task Force 141 abborda una stazione petrolifera, eliminando le postazioni antiaeree nemiche. L'assalto al gulag inizia e nei sotterranei la squadra trova il prigioniero, che Soap riconosce essere il capitano Price.
Intanto la guerra negli USA continua. Le forze russe sono riuscite ad arrivare fino a Washington D.C., e la squadra di Foley, insieme alle ultime forze rimaste nella capitale, deve rallentare l'avanzata nemica per permettere l'evacuazione dei civili rimasti.
Nel frattempo, giunto con il resto della Task Force 141 ad una base di sottomarini, Price ha un'idea su come fermare la guerra negli USA e, penetrato nel sottomarino, lancia un missile balistico intercontinentale su Washington, che esplode nell'alta atmosfera disabilitando tutte le apparecchiature elettroniche del nord-est degli Stati Uniti e arrestando l'avanzata russa.
La battaglia nella capitale si conclude con i rangers sul tetto della Casa Bianca, ad osservare Washington in fiamme pensando di fare lo stesso a Mosca.
A questo punto la Task Force viene divisa in due gruppi per setacciare gli ultimi due possibili nascondigli di Makarov.
Nei monti del Caucaso una squadra guidata da Roach e Ghost riesce a copiare i veri dati del modulo ACS dal suo computer (i file già in mano americana si sono rivelati falsi). I due riescono a raggiungere il punto di estrazione in una radura dove li aspetta l'elicottero di Shepherd, ma all'improvviso il generale, non appena gli vengono consegnati i dati, spara prima a Roach, già ferito, e poi a Ghost, in seguito brucierà i corpi di entrambi.
Il generale è dunque il vero nemico: ha fatto in modo che l'identità di Allen venisse scoperta da Makarov, che i russi riuscissero a copiare il modulo ACS e che la guerra scoppiasse per avere il pieno appoggio dell'opinione pubblica americana ed ottenere il controllo totale dell'esercito.
Soap e Price, incaricati di controllare l'altro nascondiglio di Makarov in Afghanistan, penetrano nella base di Shepherd, cercando di stanarlo. Questi riesce a fuggire, ma i due lo inseguono e riescono ad intercettarlo,dopo un inseguimento in gommone.
Soap tenta di uccidere Shepherd, ma questi ha la meglio e lo ferisce gravemente. Mentre sta per ucciderlo, Shepherd rivela che era il comandante delle forze americane impegnate contro Al-Asad, nel precedente episodio, e colpite dall'esplosione nucleare innescata da quest'ultimo.
In quell'istante Price interviene ingaggiando con il nemico un corpo a corpo e Soap riesce ad uccidere il generale scagliandogli contro un pugnale.
Price e Soap sanguinante si dirigono verso l'elicottero di Nikolai e fuggono via verso una destinazione imprecisata.